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Restart Files
Das Restart-File (es muss immer die Endung *.RST haben, z.B. myfile.RST) ist das wichtigste File der Simulation.
Im Restart-File werden unter anderem folgende Parameter definiert:
- Die Koordinaten von Schale und Kern aller Atome des Aufbaus
- Die Parameter für die Definition der interatomaren Potentiale zwischen allen beteiligten Atomen
- Ladung von Schale und Kern sowie die Federkonstante zwischen den beiden
- Die Genauigkeits-Toleranzen, bei deren Unterschreitung die Simulation abbricht
Eine einzelne Relaxation wird folgendermassen gestartet:
shellm myfile restart
myfile bezieht sich auf das Restart-File, welches hier beispielsweise myfile.RST heisst. Die Endung (*.RST)
wird aber nicht angegeben beim Programm-Start. Ausgeführt wird hierbei eine einzelne Relaxation.
Soll der Process remote gestartet werden, verwendet man folgende Syntax:
shellm myfile restart >& Logfile &
Die Ausgabe wird in das File Logfile umgelenkt. Das gilt auch für den Konsolen-Output, deshalb das "&" nach
dem ">". Das zweite "&" bewirkt, dass der Prozess weiterläuft, wenn der übergeordnete Prozess nicht mehr lebt,
also die shell, von welcher shellm gestartet wurde.
Sollen mehrere Relaxationen hintereinander ausgeführt werden, kann hierzu das Shell-Script
runshellm
verwendet werden.
Bei der einzelnen Relaxation kann die Spitze bewegt werden, was zu einer quasi-kontinuierlichen Bewegung führt.
Hierfür dienen die Befehle "scan" und "move" (siehe auch Manual). Sie sind etwas trickreich und funktionieren
folgendermassen:
Mit dem "move" - Befehl wird die Bewegung definiert. Die Syntax ist:
move x y z
wobei x, y und z in Angström anzugeben sind. Mit dieser Zeile wird die Spitze vor der Relaxation um die
entsprechenden Beträge bewegt. Diese Zeile wird aber am Ende der Simulation beim update der Koordinaten im
Restart-File wieder entfernt.
Der Befehl "scan x y z" fügt dann, falls vorhanden, wieder eine Zeile mit dem Befehl "move x y z" ein.
Die folgende Liste enthält eine Reihe von Restart-Files, wie sie in den vorliegenden Simulationen
verwendet wurden.
Statische Simulationen
4x4x4 (111) - Spitze
4x4x4 (110) - Spitze
4x4x4 (100) Spitze, alle Atome gefroren
Pyramiden-Spitze
Pyramid tip (soft) after approach
Pyramid tip (soft) before scan y from outside
Dynamische Simulationen
4x4x4 (111) - Spitze, molecular dynamics
Weitere Restart-Files sind beim
Autor erhältlich.
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