Shell Scripts

runshellm
Mit diesem Shell-Script können mehrere Relaxationen hintereinander ausgeführt werden. Das gilt aber nur für die statischen Simulationen. Bei der dynamischen (MD) ist es nicht nötig, da kontinuierliche Bewegungen der Spitze direkt im Restart-File definiert werden können (Parameter "TipDynamics" der molecular dynamics Simulation).
Die Syntax lautet wie folgt:
./runshellm Directory-Name from to step >& Logfile &
Directory-Name ist der Name des Verzeichnisses, in welchem die produzierten Files abgelegt werden. Dies sind die *.OUT - Files mit den Output - Files jeder einzelnen Relaxation, dem res.shellm mit den Energien und Kräften pro Relaxation und weitere. Das File res.shellm kann in Office - Programme wie MS-Excel oder Origin direkt importiert und dargestellt werden. Im Shell - resp. Core - Verzeichnis liegen die xyz - Files, welche mit Rasmol und anderen Molekül - Viewern angeschaut werden können.
From - to ist der Anfangs- resp. Endpunkt der Tipbewegung und step die Schrittweite. Sie muss mit der Schrittweite im "scan" - resp. "move" - Befehl des Restart-Files übereinstimmen (Die Zeilenargumente des Scripts werden nicht an shellm weitergegeben und dienen nur der sinvollen Namensgebung der Output - Files).

lev-new-run-scifi
Dient dem gleichen Zweck wie runshellm. Es stammt von Lev Kantorovich, wurde von mir aber nicht verwendet.

extract-energy-z-force-3.11
Extrahiert aus einem einzelnen Output - File (*.OUT) die Energien und Kräfte und schreibt sie ins File res-shell.txt

parse-statistics-file
Extrahiert aus dem Statistik - File (nur bei MD) jeden n - ten Eintrag. Dies ist bei kleinen Schrittweiten empfehlenswert, um die Datenmenge zu reduzieren.

Weitere Shell-Scripts, zum Beispiel für die Erstellung von Movies, sind beim Autor erhältlich.